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与植物和动物代谢组学相比，微生物在生长培养基中浓度较低，具有低浓度代谢物难于检测，胞内和胞外代谢物不易分离等特点。

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植物代谢组学是对植物的某一组织或细胞在一特定生理时期内所有低分子量代谢产物同时进行定性和定量分析。

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该技术利用多种同位素试剂标记蛋白多肽N末端或赖氨酸侧链基团，经高精度质谱仪串联分析，可同时比较多达8种样品之间的蛋白表达量。

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iTRAQ是美国应用生物系统公司ABI研发的一种多肽体外标记技术，采用4种或8种同位素的标签，通过特异性标记多肽的氨基基团，进行串联质谱分析，可同时比较4种或8种不同样品中蛋白质的相对含量或绝对含量。

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Real Time PCR法是实时监测解析PCR扩增量的方法。因其无需电泳，大大减低了实验污染的机率，且具有快速、可对检测靶基因定量而倍受青睐

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免疫共沉淀（co-inmunoprecipitation, Co-IP）技术是逐渐成为研究蛋白-蛋白间相互作用主要方法和手段，以细胞内源性靶蛋白为诱饵，将靶蛋白抗体与细胞总蛋白进行共孵育

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